Положения названного закона, устанавливающие порядок организации и проведения проверок, не применяются при осуществлении 22 видов государственного и муниципального контроля и 9 видам мероприятий по контролю и надзору.
К примеру, положения Федерального закона от 26.12.2008 № 294-ФЗ «О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора) и муниципального контроля» не применяются: при осуществлении производства по делам о нарушении антимонопольного законодательства Российской Федерации; при расследовании причин возникновения аварий, несчастных случаев на производстве, инфекционных и массовых неинфекционных заболеваний (отравлений, поражений) людей, животных и растений, причинения вреда окружающей среде, имуществу граждан и юридических лиц, государственному и муниципальному имуществу, контроля и надзора в финансово-бюджетной сфере; налогового контроля, страхового надзора; контроля за соблюдением требований законодательства об антитеррористической защищенности объектов и других видов контроля.
Особенности организации и проведения проверок в части, касающейся вида, предмета, оснований проведения проверок, сроков и периодичности их проведения, уведомлений о проведении внеплановых выездных проверок и согласования проведения внеплановых выездных проверок с органами прокуратуры, могут устанавливаться другими федеральными законами при осуществлении 39 видов государственного контроля.
В частности особенности организации и проведения проверок устанавливаются другими федеральными законами в отношении лицензионного контроля, федерального государственный контроль (надзор) в сфере миграции, государственного контроля (надзора) в области обеспечения качества и безопасности пищевых продуктов; федерального государственного контроля (надзора) в области транспортной безопасности, федерального государственного надзора за соблюдением трудового законодательства, федерального государственного пожарного надзора, регионального государственного жилищного надзора, муниципального жилищного контроля и других видом контроля.
Особенности осуществления государственного контроля (надзора) и муниципального контроля на территории опережающего социально-экономического развития устанавливаются Федеральным законом от 29.12.2014 № 473-ФЗ «О территориях опережающего социально-экономического развития в Российской Федерации».
Особенности осуществления государственного контроля (надзора) в сфере государственного оборонного заказа устанавливаются Федеральным законом от 29.12.2012 № 275-ФЗ «О государственном оборонном заказе».